从2002年江苏省实施新课程以来，南外紧抓课改契机，更新教育理念，科研氛围空前浓厚，课堂教学质量进一步提高，学校课程更加丰富多彩，学生素质进一步提升。这些成就得到了社会的广泛好评。
在江苏省首届基础教育课程改革先进集体和先进个人的评选活动中，南外被江苏省教育厅表彰为“江苏省基础教育课程改革先进集体”，语文组谢嗣极老师被授予“江苏省基础教育课程改革先进个人”荣誉称号。在南京市基础教育课程改革先进个人的评比活动中南外英语组尚媛媛老师被南京市教育局授予“京市基础教育课程改革先进个人”荣誉称号。
在南京市教育局举办了南京市基础教育成果评比活动中，经“南京市基础教育教学成果奖评审委员会”专家逐项严格评审，南外孙夕礼老师的《高中化学评价研究》获得首届南京市基础教育教学成果一等奖，朱善萍、汤巧根的《南京外国语学校校本课程的开发与实施》和徐斌、杨春贵、贺晓燕、陈铮的《模拟联合国课程》分别获得首届南京市基础教育教学成果二等奖。
